正當港交所宣稱仍希望阿里巴巴來港上市時，有消息指，香港證監會（下同）并不打算為阿里巴巴提出的合伙人制度開綠燈，意味阿里巴巴來港上市的大計可能觸礁。假使阿里巴巴仍決定在港上市，并非最大股東的董事長馬云[香港注冊公司]，可能喪失對公司的控制權。

　　阿里巴巴集資規模逾千億港元，是否在港上市，有機會影響港交所今年是否可以重奪失去一年的全球集資王寶座，但馬云為確保自己上市后的控股權，提出的雙軌制及合伙人方案，違反目前香港的上市規定。是確保集資金額，還是要堅持制度，令港交所為難，早前即有消息傳出，港交所游說港府放寬合伙人制度。不過，早前港交所主席周松崗拒絕回應有關傳聞，僅稱個別情況需視乎提出申請后才定，又重申港交所將繼續盡力吸引具質素的企業來港上市。

　　馬云僅持有一成股權

　　不過，作為香港金融市場 最后防線的證監會并不賣帳，有消息指，證監會已召開董事局會議，對任何會被視為對阿里巴巴作出豁免，使其不需遵守現行上市規定的改變都予以否決，其中包括允許阿里巴巴采取合伙人架構上市的建議。不過，亦有接近監管機構人士稱，由于阿里巴巴仍未遞交上市申請，因此證監會并未就阿里巴巴上市問題開會，但消息亦指出，證監會對合伙人制持否定態度。

　　阿里巴巴的股權問題，起源于2005年雅虎斥資10億美元，購入阿里巴巴集團40%股份，此后，以馬云為首的阿里巴巴創業團隊，一直為公司的絕對控制權而斗爭。目前，阿里巴巴董事會四人，分別是雅虎的杰奎琳─雷瑟斯、日本軟銀的孫正義，及阿里巴巴的馬云、蔡崇信。

　　由于馬云及整個管理層，目前僅持有約10.4%的阿里巴巴股權，而日本軟銀及美國雅虎，則分別持有36.7%和24%股權，兩家外資的投票權和董事席位，足以控制整個公司。因此，為避免上市后控制權旁落，馬云曾先后拋出雙層股權方案及合伙人方案，以確保自己能有效管理公司，但兩種方案均不是目前香港上市規定所容許。

　　美國監管較港更嚴[注冊美國公司]

　　事實上，馬云亦不希望股權問題長期影響公司發展，阿里巴巴此次上市，高達150億美元的集資額中，其中近半（約70億美元）即是用作向雅虎回購約一成的股權。至于會否選擇在容許雙層股權或合伙人方案的美國上市，有分析指，阿里巴巴曾在香港上市，熟悉香港監管政策，而美國監管更為嚴厲，阿里巴巴亦可能要面對更多法律訴訟及風險，因此對馬云來說，香港仍是較好的選擇。

　　何謂合伙人制

　　所謂合伙人方案，即是由一批被稱為合伙人的人，對董事會的人選進行提名，而非按照持有股份的比例，來分配董事提名權。合伙人只能提名董事，但不能直接任命，董事的任命仍需經過股東大會投票通過。

　　不過，就算股東否決了有關提名，但合伙人仍然可以繼續提名，直到董事會由合伙人提名的人選構成為止，這使公司實際上可由少數管理層掌控。

　　目前包括馬云在內的管理層，僅持有阿里巴巴的約10%股權，而公司的兩大股東軟銀和雅虎，則持有阿里巴巴36%和24%的股權。馬云等管理層雖然只持有少數股份，但卻希望能對公司擁有更多的實際控制權，因此才提出合伙人方案，以便在上市后繼續掌控公司發展。據《華爾街日報》引述消息人士稱，大股東軟銀和雅虎雖然不在合伙人之列，但已經批準了這方案。

　　除合伙人方案外，亦有雙層股權結構方案，[美國公司注冊]即將股票分為A和B兩個系列，A系列普通股，發行予外部投資者，每股只有一票投票權，而管理層持有的B系列普通股，每股則有多票投票權（通常為10票），使管理層擁有的投票權，大大超過其持股比例。美國目前允許雙層股權結構，如Google、Facebook和百度等都采用這樣的結構。香港目前認為，兩種方案都違反股權平等原則，損害小股東利益，因此均禁止。但本港股市仍有歷史遺留下來的太古A及太古B，類似于雙層股權結構。