財政部、國家稅務總局于2009年12月25日聯合發布了《關于企業境外所得稅收抵免有關問題的通知》（財稅[2009]125號文件，以下簡稱“125號文”），對企業所得稅法及其實施條例關于境外所得稅抵免制度的原則性規定作了進一步明確，對于各地稅務機關和納稅人而言也更具可操作性。
不同的投資方式架構選擇，以及境外利潤的匯回安排，都將對企業的整體稅務狀況產生影響。因此，無論是已擁有海外投資，還是正在計劃“走出去”的中國企業，都應當審視其現有或計劃中的境外投資架構和資金運作模式，充分利用125號文下可能出現的稅務籌劃機會，并綜合分析、權衡其對于運營收入、股息和資本利得等各方面的影響，在合規性的前提上做出最優決策。
一、抵免層級的確定
企業所得稅法及其實施條例規定，中國居民企業直接或者間接持有外國企業20%以上（含20%，下同）股份時，上述外國企業匯回的股息所負擔的實際繳納的境外所得稅才允許從中國居民企業就該股息收入繳納的中國企業所得稅中進行抵免。125號文明確了間接控股架構的抵免層級為三層外國企業，即第一層：單一居民企業直接持有20%以上股份的外國企業；第二層：單一第一層外國企業直接持有20%以上股份，且由單一居民企業直接持有或通過一個或多個符合本條規定持股條件（直接持有20%以上的股份，下同）的外國企業間接持有總和達到20%以上股份的外國企業；第三層：單一第二層外國企業直接持有20%以上股份，且由單一居民企業直接持有或通過一個或多個符合本條規定持股條件的外國企業間接持有總和達到20%以上股份的外國企業。
在境外投資的中國企業可能采用單層架構（“直接控股架構”），直接持有外國企業股權；但實踐中多層架構也被普遍運用，通過在境外低稅負國家或地區設立的一個或多個中間控股公司，間接持有外國企業的股權（“間接控股架構”）。在間接控股架構下，未來轉讓外國企業的股權時，可以將股權轉讓所得保留在境外中間控股公司，遞延中國企業所得稅的納稅義務（假定不涉及中國“居民企業”或“受控外國公司”的規定，下同）；同時在外匯資金循環使用、境外引進戰略投資者或境外資本市場上市等方面，間接控股架構均具有較大的靈活性，因此在實踐中這一架構運用得更為普遍。
125號文實施后，中國企業在設計海外控股架構時，需要注意抵免層級的限制，三層以下外國企業所產生的股息匯回中國時，相應所繳納的境外所得稅將不得進行抵免。
二、持股比例的限制
如果中國居民企業直接持有外國企業的股份低于20%，則不符合125號文關于境外所得稅抵免的規定。在此情況下，就可能需要援引中國與某些國家簽訂的稅收協定中的“消除雙重征稅”條款以享受稅收抵免的優惠待遇。例如，在中國與澳大利亞、美國、加拿大等簽訂的稅收協定中，10%以上持股比例的股息分配即允許在抵免時考慮支付股息外國企業就股息部分繳納的境外所得稅。
然而，在間接控股架構下，能否借助上述協定條款突破20%的持股比例限制尚不確定。假設外國企業所在國與中國簽訂的稅收協定包含上述優惠條款，如果中國稅務機關能夠參照協定待遇中的“受益所有人”概念，“穿透”中間控股公司，認定中國居民企業仍可適用上述協定優惠條款抵免投資東道國的所得稅，則將給“走出去”的國內企業帶來實惠。
與此類似，在直接控股架構下，中國居民企業可以較為容易地利用中國與投資東道國（例如泰國）稅收協定中的“稅收饒讓”條款，避免境外子公司在投資東道國享受的所得稅減免因股息匯回補繳中國所得稅而未能享受到優惠待遇。而在間接控股架構下，“稅收饒讓”條款的適用能否同樣參照“受益所有人”的概念“穿透”中間控股公司，也有待稅務機關進一步明確。
三、間接抵免的計算
根據125號文規定，間接抵免中“境外投資收益間接負擔的稅額”按以下公式逐層計算：
（本層企業就利潤和投資收益所實際繳納的稅額＋符合125號文規定的由本層企業間接負擔的稅額）×本層企業向一家上一層企業分配的股息（紅利）÷本層企業所得稅后利潤額＝本層企業所納稅額屬于由一家上一層企業負擔的稅額
從這個公式可以看出，如果中國居民企業通過一家海外中間控股公司分別持有高稅負國家（地區）和低稅負國家（地區）的運營公司，未來境外運營公司向中國居民企業匯回的股息所負擔的稅額（即允許抵免中國企業所得稅的境外稅額）主要依賴于高稅負國家（地區）和低稅負國家（地區）的運營公司分別向中間控股公司分配股息的比例關系。換言之，如果高稅負國家（地區）運營公司匯回的股息比較多，低稅負國家（地區）運營公司匯回的股息比較少，則中間控股公司匯回中國的股息所間接負擔的境外所得稅額就會比較高，相應就可以抵免較多的中國企業所得稅（同時取決于境外所得稅抵免限額）。
四、抵免限額的計算
125號文進一步明確了企業所得稅法及其實施條例中按“分國不分項”原則計算某國（地區）所得稅抵免限額的規定，具體計算公式如下：
中國境內、境外所得依照企業所得稅法及實施條例的規定計算的應納稅總額×來源于某國（地區）的應納稅所得額÷中國境內、境外應納稅所得總額＝某國（地區）所得稅抵免限額
計算上述“中國境內、境外所得依照企業所得稅法及實施條例的規定計算的應納稅總額”所使用的稅率通常為25%.
從該計算公式中可以看出，如果增加境外收入、降低境外成本費用，則來源于境外的應納稅所得額會相應增加，從而提高境外所得稅抵免限額。例如，在境外某國家（地區）實際繳納的境外所得稅不變的前提下，如果能夠將境內外業務共同發生的某些費用在合理的基礎上更多的分攤到境內，則可以提高境外業務的應納稅所得額，相應提高該國家（地區）的境外所得稅抵免限額。
五、簡易計算方法
125號文規定，企業從境外取得營業利潤所得以及符合境外稅額間接抵免條件的股息所得，雖有所得來源國（地區）政府機關核發的具有納稅性質的憑證或證明，但因客觀原因無法真實、準確地確認應當繳納并已經實際繳納的境外所得稅稅額的，除例外條件外可按境外應納稅所得額的12.5%作為抵免限額。
在實踐中，各地稅務機關可能出于征管方便和增加稅源的考慮，較多的采用這一簡易計算方法，使企業從境外高稅負國家（地區）取得的股息收入無法充分享受抵免待遇。
境外投資架構影響
基于上述五個要點的分析，中國企業如何對境外投資架構進行設計，將會對其境外所得的中國稅納稅義務產生時間、允許抵免的境外所得稅等方面產生重大的影響。
1、分公司和子公司
當境外項目所在地的實際稅負（包括公司所得稅和利潤匯出預提稅）低于中國時，選擇不同的境外項目公司組織形式，會帶來不同的稅務影響。
如果設立為分公司，其取得利潤應在當年計入中國企業的應納稅所得額，需立即按稅率差補繳中國企業所得稅。相反，如果設立為子公司，子公司的稅后利潤在匯回中國時才需要按稅率差補繳中國企業所得稅；因此，若投資者暫時將子公司的稅后利潤保留在境外，可有效遞延中國所得稅的納稅義務。
2、直接控股和間接控股
如上所述，直接控股架構在稅務上的優點主要集中于，能夠明確享受稅收協定中稅收饒讓條款，以及比國內稅法更優惠的境外所得稅抵免待遇（即突破20%的持股比例限制）兩方面。
需要注意的是，上述協定待遇在間接控股架構下能否順利享受尚存在不確定性。即使中國稅務機關允許中國居民企業參照“受益所有人”概念享受相關的協定待遇，居民企業仍有可能需要提供較多的文件資料證明其“受益所有人”的身份，在實際操作中可能會帶來一定的難度。
從所得稅角度來看，間接控股架構的主要優點則體現為可能取得遞延甚至降低中國企業所得稅的效果。如果中國企業境外子公司的實際稅負低于中國所得稅稅率25%，則直接控股架構下，股息匯回中國需要當即按稅率差補繳中國企業所得稅。但是，在間接控股架構下，境外第二層、第三層公司匯回的股息可以暫時保留在上一層的中間控股公司而不匯回境內，用于投資海外其他項目，從而遞延中國企業所得稅的納稅時間。
此外，間接控股架構可能實現境外高稅負國家（地區）和低稅負國家（地區）投資收益的“中和”，充分利用境外所得稅抵免，從整體上降低需要補繳的中國企業所得稅稅負。我們將在下一部分對此進行詳細分析。
3、間接控股架構下的境外利潤匯回
在間接控股架構下，如果境外多個國家（地區）的第二層、第三層子公司通過第一層中間控股公司向中國企業匯回股息，在計算需要補繳的中國企業所得稅時需要注意兩個概念，即“該股息負擔的境外所得稅額”和“某國（地區）所得稅抵免限額”——境外子公司匯回股息當年實際可抵免的境外所得稅按兩者孰低確定。
首先，根據間接抵免中“境外投資收益間接負擔的稅額”計算公式，中間控股公司向中國企業匯回股息所負擔的境外所得稅，與下一層境外企業所匯回的股息金額以及對應的境外所得稅有關。
其次，境外投資收益可抵免的境外所得稅以該利潤應繳納的中國企業所得稅為限。在計算抵免限額時，應遵循“分國不分項”的原則，但“分國”原則是否“穿透”到最底層境外企業，還是僅應用在中國企業直接控制的第一層境外企業，125號文沒有作出明確規定。
由于各層境外企業的稅后利潤和已繳納的境外所得稅在各個層面累積和分配的時點存在差異，征納雙方需要考慮設定一個跟蹤稅后利潤和境外所得稅流向的機制（如稅后利潤和已繳納外國稅的跟蹤表），以便于計算中間控股公司向中國企業匯回股息所負擔的境外所得稅。
4、境外低稅負國家/地區的利用
由于中國企業目前海外投資東道國稅率普遍高于25%，通常利潤匯回無需補稅。但是可能會產生外國稅收抵免的超限額度。同時，也有不少企業選擇在低稅負國家（地區）設立公司；如果將低稅負國家（地區）的稅后利潤完全匯回中國，就可能面臨補繳巨額所得稅稅款的問題。然而，如果在低稅負地區設立主要從事融資、貿易、技術許可等業務的公司，配合高稅負國家（地區）的投資和股息分配安排，就可能在整體上起到降低或遞延稅負的效果。
