北宋中期，江陰黃田港已成為東南沿海重要港口，南宋紹光十五年（1145年）朝廷在江陰設置了市舶務（司），管理對外貿易和征稅，這是江陰史載最早的海關機構。1990年5月18日，經海關總署批準，同意設立張家港海關駐江陰辦事處，同年11月8日，辦事處建成開關。1992年3月18日，張家港海關駐江陰辦事處更名為無錫海關駐江陰辦事處，接受辦理口岸海關業務。1993年11月25日，經海關總署批準，無錫海關駐江陰辦事處升格為中華人民共和國江陰海關，1994年12月28日江陰海關正式開關，為正處級機構，隸屬南京海關領導。1999年8月18日，又成立了江陰海關走私犯罪偵查支局，為正處級機構。

　　幾年來，江陰海關在海關總署和南京海關的正確領導下，在地方各級黨政和社會各界的關心支持下，認真貫徹落實“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”和從嚴治關的海關工作方針，堅持物質文明和精神文明兩手抓，兩個文明建設均取得了可喜的成績,為地方外向型經濟的健康快速發展作出了積極的貢獻。

作為口岸窗口單位，江陰海關堅持廣泛深入地開展以“愛崗敬業、公正執法、高效服務、文明廉潔”為主要內容的文明創建活動，不斷增強全體關員的把關意識和服務意識。在加強進出口監管的前提下，實行全方位優質服務。江陰海關經常利用座談會、聯系會、現場辦公會等形式深入基層認真調研，適時調整工作思路，改進工作方法，簡化工作手續。與此同時，江陰海關還將創建省市級文明窗口、文明單位等活動擺上重要議事日程，將之作為一項系統工程來抓。積極推行“關務公示制”、“首問責任制”、“服務承諾制”，建立了關長“接待日”制度，科長值班科長統一退單制度，業務人員AB角制度，口岸監管全天候服務制度，節假日預約通關制度，上門驗放制度，業務跟蹤調查和行風評議制度，變被動服務為主動服務、超前服務，積極參與地方政府的招商引資活動，經常深入骨干企業、鄉鎮現場辦公，解決熱點難點問題。定期向有關部門報送進出口情況分析，為地方政府決策提供信息支持。定期召開座談會，征求社會各方面的意見建議，不斷提高工作質量和水平，江陰海關的文明形象贏得了社會各界的贊譽。相繼被評為江陰市和無錫市的“青年文明號”、江陰市十佳“文明機關”、江陰市文明單位、無錫市文明單位、江蘇省文明單位、南京關區海關“文明窗口”示范單位、江蘇省創建文明行業示范點。江陰海關黨支部也連年被評為江陰市直機關工委先進黨支部，被中共江陰市委評為“先進基層黨組織”，2001年7月還被中共海關總署黨組評為“全國海關先進基層黨組織”。

　　百尺竿頭，更進一步。在新世紀里，江陰海關將以江總書記的“三個代表”重要思想為指導，在上級海關的領導下，在地方各級黨政的支持下，積極貫徹落實中央關于經濟工作的重要決策，深化改革，勇于創新，開拓進取，再攀新高。為促進江陰地方經濟社會事業的發展作出新的更大的貢獻。